Alligaattorileikkuri käyttää hydraulista käyttöjärjestelmää; sen ydinmekanismiin kuuluu hydraulipumppu, joka tuottaa painetta hydraulisylinterin käynnistämiseksi, mikä luo vipuvaikutukseen perustuvan leikkausvoiman. Käytön aikana kiinnityslaite ensin kiinnittää metallimateriaalin paikoilleen; sen jälkeen pääpainesylinteri ajaa liikkuvaa terää (yläterä) kohti paikallaan olevaa terää (alempi terä), leikkaaen metallin valtavan leikkausvoiman alaisena. Kone on nimetty sen rakenteellisen toiminnan samankaltaisuudesta alligaattorin leukojen avaamiseen ja sulkemiseen.
Alligaattorisakset tarjoavat kolme toimintatilaa: tuuma, puoliautomaattinen ja täysautomaattinen. Inching-tilassa leikkauspainiketta on pidettävä jatkuvasti painettuna, jotta kone toimii. Puoliautomaattisessa tilassa yksi painikkeen painallus laukaisee yhden täydellisen leikkausjakson. Täysautomaattisessa tilassa kone toimii jatkuvasti ilman näppäinpainalluksia, ja se käy automaattisesti läpi kiristyssarjan (pitolaite laskeutuu), leikkaus (terä laskeutuu), irrotus (pidätyslaite ja terän sisäänveto) ja uudelleenkiinnitys.
Verrattuna mekaanisesti toimiviin leikkureihin, hydraulijärjestelmät tarjoavat etuja, kuten kompaktin koon, keveyden, alhaisen inertian, alhaisen melun, sujuvan toiminnan, helppokäyttöisyyden ja yksinkertaisen ylikuormitussuojan toteutuksen. Edistyneissä malleissa on nopeatoimiset piirit (esim. käyttämällä suurnopeuksisia venttiilijakoputkia), jotka lisäävät leikkausnopeutta ja nostavat nopeutta 8:sta 12 leikkaukseen minuutissa lisäämättä moottorin tehoa tai pumpun iskutilavuutta, mikä lisää tuottavuutta. Hydraulijärjestelmissä käytetään tyypillisesti patruunaventtiilejä, jotka tarjoavat etuja, kuten yksinkertaisen rakenteen, kontaminaatiokestävyyden ja nopeat vasteajat.
Käyttäjien on pysyttävä täysin keskittyneinä ja pidettävä kehonsa poissa laitteen liikkuvista osista ja leikkausalueelta materiaalin takapotkun tai katkeamisen aiheuttamien vammojen estämiseksi. Sopiva käyttötapa tulee valita materiaalin muodon ja vakauden perusteella, ja vaarallisia toimia, kuten tavaroiden hakemista tai säätöjen tekemistä, on vältettävä koneen toiminta-alueella.